கருணாநிதி தலைமையில் தி.மு.க இருபெரும் பிளவுகளை சந்தித்துள்ளது. முதலில் 1972ல் எம்ஜிஆர் தலைமையில் ஒரு அணி பிரிந்து சென்று அ.தி.மு.க என்ற தனிக் கட்சி உருவானது. பின்பு 1993ல் தி.மு.கவின் முக்கியமான தலைவர்களில் ஒருவராக திகழ்ந்த வைகோ கருத்து வேறுபாடு காரணாமாக பிரிந்து சென்று ம.தி.மு.கவை தோற்றுவித்தார். ஆனாலும் இந்த இரண்டு பிளவுகளின்போதும் கட்சியை காப்பாற்றி மீண்டும் ஆட்சிக்கட்டிலில் அமர வைத்த பெருமை கருணாநிதியையே சாரும்.